東京シューレは、１９９９年に東京都より認証を受け、２０００年より特定非営利活動法人（ＮＰＯ法人）として運営をしています。

ＮＰＯ法人東京シューレは「親立（おやりつ）・市民立（しみんりつ）」の理念のもと、フリースクール会員の父母をはじめ、約３００名の親・市民がＮＰＯ会員（ＮＰＯ法上の社員）となって、東京シューレを運営しています。

２００７年より「東京シューレ葛飾中学校」を運営する「学校法人東京シューレ」を設立し、現在「ＮＰＯ法人」「学校法人」の２法人が連携しながら、東京シューレのミッションを実現すべく、活動しています。